Kriminalität ist ein großes Problem auf der Welt. Dementgegen stehen die Sweeper, Kopfgeldjäger. Für die ganz schweren Fälle gibt es eine Organisation namens Chronos mit ihren Chronos Numbers, eine Reihe von Profikillern. Train Heartnet, die Nummer 13, auch Black Cat genannt, ist einer davon. Er ist bekannt und gefürchtet als der gefährlichste Killer, da er seine Aufträge mit tödlicher Präzision immer perfekt ausführt. Abends sitzt er auf einem Dach und denkt nach, wo er auf Saya Minatsuki, eine Sweeperin trifft. Durch sie findet er heraus, dass er bei Chronos nie zufrieden war und möchte aufhören, Menschen zu töten. Er wird bei Chronos als Verräter gehandhabt und erst gejagt. Währenddessen versucht Sven, auch ein Sweeper, einem Mädchen zu helfen, das ihm erzählt, dass der Chef einer Waffenfabrik eine neue Superwaffe in Auftrag gegeben hat, ein durch Nanobots mutiertes Mädchen namens Eve, welches ihre Körperteile und Haare zu Waffen oder Fäusten verwandeln kann, um damit zu kämpfen. Das Mädchen wirkt anfangs gefühllos, aber als es mit Sven in Kontakt kommt und befreit wird, lernt es die Welt kennen und wird zunehmend menschlicher.
Derweil hat Train eine Auseinandersetzung mit Creed Diskenth, einem ehemaligen Freund und Kollegen von Chronos, der versucht, Train für seine eigene Truppe anzuwerben, einer Gruppe von Taoisten (Taoisten = Menschen, die das Tao, eine übersinnliche Kraft beherrschen), den s.g. "Apostel des Planeten", die etwas gegen die Monopolstellung von Chronos haben und ihre eigene Art von Frieden verfolgen.
Nachdem Chronos von den Aposteln weiß, beginnt ein Krieg zwischen den beiden. Train tut sich, nachdem Saya von einem der Aposteln ermordet wurde, mit Sven und Eve zusammen, um sich zu rächen und den wirklichen Frieden wiederherzustellen. Es ist also nun ein Kampf mit drei Fraktionen, wobei die Chronos aber mit Trains Gruppe eher verbündet vorgeht.
Der Anime ist sehr cool und hat einen sehr actionreichen Showdown. Und das wichtigste: Am Ende des Animes wollt ihr nur noch eines: Miiiiiilch
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